O agora treinador do FC Porto voltou aos dragões a 15 de janeiro de 2004 para ser campeão nacional
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Foi a 15 de janeiro de 2004 que Sérgio Conceição regressou ao FC Porto, marcando a sua segunda passagem com a camisola dos azuis e brancos. O agora treinador dos dragões tinha rescindido contrato com a Lázio e assinou um contrato válido por seis meses com o FC Porto, ficando com opção de prorrogar o mesmo até 2006.
"Espero ser mais um para ajudar o FC Porto nas conquistas do Campeonato e da Taça de Portugal, porque na Liga dos Campeões, infelizmente, não posso jogar", assinalou Sérgio Conceição no regresso. Na altura impossibilitado de jogar na Liga dos Campeões, Sérgio Conceição acabaria por ser campeão nacional no final da época.