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O novo selecionador nacional passou nove temporadas na Grécia, entre clubes e seleção principal daquele país.
Fernando Santos esteve duas temporadas na Grécia, onde venceu uma Taça em 2001/02 pelo AEK, antes do primeiro regresso a Portugal, para o comando do Sporting, em 2003/04, a que se seguiram mais duas épocas em solo helénico, para novamente assumir um "grande", no caso o seu clube preferido, o Benfica, não conseguindo melhor do que o terceiro lugar no campeonato de 2006/07, tendo sido substituído após a primeira jornada da época seguinte.
Pouco depois, retornou à Grécia, onde permaneceu mais sete temporadas, as últimas quatro na seleção, que levou aos quartos de final do Euro'2012, "caindo" frente à Alemanha (4-2), depois de um apuramento sem derrotas, e aos "oitavos" do Mundial'2014, fase em que foi eliminado nas grandes penalidades pela Costa Rica (5-3 nas grandes penalidades, após 1-1 no tempo regulamentar e no prolongamento.
O Mundial'2014 terminou com a suspensão do técnico por oito jogos, num processo em que o Comité de Apelo da FIFA ainda vai avaliar o recurso ao castigo, que, caso se confirme, pode afastar Fernando Santos das áreas técnicas dos jogos de qualificação de Portugal para o Euro'2016.