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O Farense é, ainda hoje, o clube algarvio com melhor historial, ocupando o 12º lugar no ranking de todos os campeonatos do escalão principal (23 presenças). O período áureo ocorreu nos finais da década de 80 e na de 90, quando, sob o comando de Paco Fortes, atingiu a final da Taça de Portugal (1989/90) e, mais tarde, participou na Taça UEFA (1995/96), sendo eliminado pelos franceses do Lyon. Grandes jogadores defenderam, então, as cores do clube, desde Hassan a Jorge Soares, passando por Hajry, Hugo, Pitico, Portela, Djukic, Eugénio, Carlos Costa, Rufai e tantos outros. O São Luís era um palco temido por todos os adversários e o 5º lugar na I Divisão, em 94/95, foi um marco histórico. A descida de divisão, em 2001/02, foi o princípio do fim: assolado por uma crise financeira de contornos complicados, o Farense continuou em queda e só parou na 3ª Divisão. Em 2005/06 foi desclassificado por não poder inscrever jogadores, mas recomeçou a actividade nos distritais e, paulatinamente, voltou aos "nacionais".
Curiosidades
Filho de Eugénio, lateral que deixou cartel no clube, Pedro Eugénio assinou esta época pelo Marítimo, mas teve problemas e rescindiu. Porém, não desistiu de ser profissional. Jovens
O Farense reformulou a sua formação e trabalha no sentido de acautelar o futuro. Nos treinos dos juvenis apareceram 60 miúdos e foi necessário inscrever duas equipas. Estádio como casa
Sete dos jogadores do plantel sénior não têm residência no concelho de Faro e estão hospedados no edifício contíguo ao S. Luís. Nunca chegam atrasados aos treinos...