Na última época, o defesa participou em 25 encontros com a camisola do Santa Clara.
João Afonso, de 32 anos, renovou com o Santa Clara até junho de 2023. "Constituído o interesse de ambas as partes com uma excelente relação de confiança, a renovação de contrato com o atleta [João Afonso] dá-se pela valia desportiva e humana que compõe ao grupo de trabalho e que só engrandece a instituição Santa Clara", refere o clube.
O Santa Clara enaltece o "exemplar profissional dentro e fora das quatro linhas", notando que o defesa-central vai para a quarta temporada consecutiva ao serviço da equipa insular.
Na última época, o defesa participou em 25 encontros com a camisola do Santa Clara.
O central chegou aos Açores na temporada 2019/20, proveniente do Vitória de Guimarães.
Pelo emblema vimanerense, João Afonso foi emprestado ao Córdoba de Espanha e ao Estoril.