O avançado nunca se conseguiu impor nos encarnados e fez apenas um jogo pela equipa principal.
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O Cruz Azul, treinador pelo português Pedro Caixinha, anunciou a contratação de Jonathan Rodríguez, avançado que passou pelo Benfica em 2014/2015.
O avançado uruguaio, de 25 anos, jogava no Santos Laguna, também do México, onde fez 104 jogos e marcou 37 golos em duas anos e meio. Para além do Benfica, Jonathan Rodríguez passou ainda por Peñarol e Deportivo da Corunha.